Con vacaciones pagadas por sus conductas inapropiadas, Francisco José Cox, ex arzobispo de La Serena, fue desvinculado de toda actividad pastoral, enviándolo a un monasterio en  Alemania a dedicarse a una vida de silencio, oración y penitencia.

El 2002 se hizo conocido por denuncias de abusos sexuales a menores de edad, hecho que provocó su salida de la vida religiosa en Chile, alojándolo hasta el día de hoy en una ciudad alemana. 

Una de las denuncias de las que se le acusa a Cox, es por hechos que ocurrieron entre el 2004 y 2007 como contó a El Mercurio la Congregación de los Padres de Schoenstatt-casa en donde habita actualmente. Esta se sumaria a otras dos causas judicializadas en Chile por abusos sexuales.

Abel Soto, es uno de los querellantes en contra del obispo con una causa abierta en la Fiscalía de Rancagua. Hernán Godoy, tiene otra interpuesta por la misma razón en la Fiscalía de La Serena.

Emiliano Arias, fiscal regional de O'Higgins, contaría en su poder con los antecedentes contra el ex monseñor. 

Existiría una tercera denuncia en Chile, no judicializada, enviada por Edison Gallardo a un medio de comunicación, quien mientras se hallaba en el hogar Redes de Coquimbo, (Sename) fuera abusado a la edad de cinco años por Cox.